机械化帝国是一个不重视生命的机械帝国，首领是机械神，以攻占星球并把其机械化为已任。而除了地球，包括月球在内，整个太阳系已被机械化了。
峰崎拳一，立花浩美和朝冈春风校园六年级生。就在他们回校参加开业礼时，机械化帝国的第一机械王齿车王开始攻击地球。就在峰崎拳一等人快要受袭，守卫地球的艾度兰打开一个时空裂缝，三人回到六千四百万年前的世界。这时光之人艾度兰已经差不多耗尽所有能量，于是他把三只恐龙型机械交给他们。
这次保护地球对抗机械化帝国的重任，就落在春风校园六年二组身上了。
由于齿车王多次失败，失去机械神的信任，最后一战更被新机械王电气王所杀。电气王乘坐机械神所给予的黑色战神对抗哥修罗，强调力量的他，经常利用军事武器变成机械兽，在某次战役受重伤，与黑色战神同化，但最后也战死。
机械神派出的第三个机械王引擎王，矢志以寻找最强力量为己任。但最后一刻，因企图反叛机械神而连累自己的机械儿子乔他宝。亦因挡着自爆的机械城被哥修罗刺穿身体而壮烈牺牲。
由于机械城大爆炸，引出时空洞穴，令时序大变，地球变成机械化，所以众人回到过去。原来当初机械化帝国第一个派去地球的原子王在艾度兰的攻击下节节败退，在将被消灭的时候拾得乔他宝的头(被卷入时空洞)。因乔他宝的头收藏了哥修罗的大量资料，故原子王依照这些资料制造一部黑暗哥修罗，使艾度兰反胜为败。最后众人消灭原子王，使时序回复正常，同时他们也见证恐龙灭亡的定律。
机械神由于连续失去多个机械王，故以大量能量，使四大机械王复活，并给予他们无限能量，可以自由巨大化，被击败也可复活，也可以自由合体。但在他们多次失败之后，机械神把他们杀死，并亲自到达地球与哥修罗作最后决战。
学生们发明了反机械化装置，以哥修罗的能量把地球以及各被机械化的星球回复正常，使情势逆转，最后更一举消灭机械神，令机械化帝国被消灭。