人类在宇宙中追寻着可以作为故乡的星球，漫长的岁月流逝了。终于，抵达了新的居住地，被称为『约束之地』的星球。这个星球上有着与珊瑚相同构成结构的广阔大地，大气中充满着人类从不知道的称为『トラバ－』的粒子。是一个荒凉的星球。人类为了生存开拓着大地，为了最大限度利用未知粒子『トラバ－』而建造了巨大的塔。在高塔之下则是人类的都市，随着时间的流逝，这些都市联合形成了同一政府『塔州联邦』。接着，又是数个世纪的时间过去了……与身为机械师的祖父相依为命的14岁少年RENTON，居住在塔国家『ベルフォレスト』。怀着对于现状的不满，RENTON唯一的心愿就是利用『トラバ－』的力量飞翔在空中。
某一天，幻之LFO·ニルヴァーシュ坠落在レントン的家中。从机体中出现的美丽少女エウレカ向レントン提出了整备ニルヴァーシュ的要求。就在此时，塔州联邦军的LFO部队出现，与エウレカ展开了激烈的战斗。
随着这命运中的相会，少年レントン与迷之少女エウレ，什么样的故事等待着这两人呢…………