U.C.0079年，一年战争末期，联邦军对应阿姆罗·雷的能力，秘密地在中立卫星SIDE 6开发新型高达。持有对MS好奇心理的少年阿路拍下了新高达NT-1的有关资料，引来了基奥军的特种部队“独眼巨人CYCLOPS”，还与其新成员巴尼结下了深厚的友情。巴尼的任务是要摧毁NT-1，否则基奥军将不惜用核弹摧毁中立卫星SIDE 6。在阿路的帮助下，巴尼与NT-1展开生死对决。但他却不知道，此时基奥军已经宣布战败，而他的对手GUNDAM NT-1的驾驶员是他的恋人克莉斯。